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人事科
承擔局機關(guān)及所屬單位的機構(gòu)編制、組織人事管理、精神文明建設(shè)、交通運輸新聞信息宣傳工作;負責行業(yè)黨建、意識形態(tài)工作責任制和黨風廉政建設(shè)工作日常事務(wù);負責局機關(guān)政治理論學習及干部職工思想政治工作，制定行業(yè)教育發(fā)展規(guī)劃和干部職工培訓計劃并組織實施;承辦機關(guān)工資調(diào)整、系統(tǒng)職稱評聘、技工考評、干部考核獎懲;指導交通運輸業(yè)體制改革工作;承辦出國(境)審查、群團管理、干部人事檔案管理等工作；負責局機關(guān)及所屬單位離退休干部、職工的服務(wù)管理和系統(tǒng)關(guān)心下一代、統(tǒng)一戰(zhàn)線和殘工委工作;完成上級安排的其他事務(wù)性工作。
計劃財務(wù)科
執(zhí)行公路、水路行業(yè)有關(guān)投融資政策;承擔交通運輸資金管理、政府采購初審等有關(guān)工作并實施監(jiān)督;提出有關(guān)財稅、非稅收入、價格等政策建議;承擔部門預算的組織編報、執(zhí)行和管理工作;承擔機關(guān)財務(wù)、資產(chǎn)財務(wù)管理及所屬單位國有資產(chǎn)和相關(guān)資產(chǎn)的監(jiān)督管理工作;參與擬訂行業(yè)有關(guān)運價及收費標準并實施監(jiān)督檢查;承擔公路、水路、城市客運交通基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)資金籌集管理工作；根據(jù)授權(quán)對國家出資企業(yè)和國有權(quán)益履行出資人監(jiān)管職責;承擔交通運輸行業(yè)內(nèi)部審計及外部審計的協(xié)調(diào)配合工作;完成上級安排的其他事務(wù)性工作。
政策法規(guī)科
承擔綜合交通運輸政策研究工作;組織起草交通運輸行業(yè)地方性法規(guī)、規(guī)章草案;督促、指導交通運輸行業(yè)貫徹落實行業(yè)有關(guān)法律、法規(guī)、規(guī)章和方針政策工作;承擔行政執(zhí)法人員培訓工作;承辦交通運輸行業(yè)行政執(zhí)法監(jiān)督、行政復議與行政應(yīng)訴等工作;承擔交通運輸業(yè)有關(guān)規(guī)范性文件的合法性審核工作;指導行業(yè)“放管服”和“權(quán)責清單”相關(guān)工作;承擔法律顧問和法治機關(guān)建設(shè)工作;擬訂行政審批有關(guān)制度、辦法和工作規(guī)則并組織實施，承擔州交通運輸局行政審批事項駐州政務(wù)大廳集中受理和許可審批工作;承擔交通運輸行政審批工作的信息化建設(shè)和統(tǒng)計分析工作，統(tǒng)籌協(xié)調(diào)州交通運輸局前后臺行政審批許可工作;指導縣(市、區(qū))交通運輸部門行政審批改革工作；完成上級安排的其他事務(wù)性工作。

安全監(jiān)督科
擬定交通運輸業(yè)安全生產(chǎn)、勞動保護及職業(yè)健康規(guī)章制度并監(jiān)督執(zhí)行;督促落實本級交通運輸業(yè)安全生產(chǎn)、平安交通工作;指導公路、水路行業(yè)安全生產(chǎn)以及消防安全工作，統(tǒng)籌交通運輸安全生產(chǎn)標準化建設(shè);對安全生產(chǎn)信息進行統(tǒng)計分析，按規(guī)定參與行業(yè)有關(guān)事故的調(diào)查處理;完成上級安排的其他事務(wù)性工作。
綜合規(guī)劃科
承擔交通運輸業(yè)發(fā)展戰(zhàn)略研究和交通運輸中長期發(fā)展規(guī)劃及年度計劃的編制工作并監(jiān)督實施；承擔交通建設(shè)重點工程后評價工作；指導交通建設(shè)項目的行業(yè)審查和報批工作;承辦行業(yè)重大發(fā)展改革綜合性材料撰寫和調(diào)度工作；負責經(jīng)濟普查、交通運輸行業(yè)統(tǒng)計工作;負責交通環(huán)保、節(jié)能減排、外資引進等工作;負責跨行業(yè)跨部門規(guī)劃協(xié)調(diào)工作;負責交通科技創(chuàng)新的協(xié)調(diào)配合工作;完成上級安排的其他事務(wù)性工作。

建設(shè)管理科
承擔公路、水路交通基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)市場監(jiān)督工作;擬定公路、水路建設(shè)、維護等有關(guān)管理制度和技術(shù)標準并監(jiān)督實施;指導公路、水路建設(shè)、養(yǎng)護計劃的申報和管理工作;指導公路、水路建設(shè)項目設(shè)計審查、施工許可、項目招標及驗收監(jiān)督管理工作;督促交通運輸項目資金支付工作;依照交通建設(shè)工程質(zhì)量監(jiān)督管理法律、法規(guī)，指導全州公路、水路工程質(zhì)量監(jiān)管和公路、水運工程監(jiān)理資質(zhì)、試驗檢測等從業(yè)機構(gòu)的管理工作;承擔全州公路、水路交通基礎(chǔ)設(shè)施的信用評價工作;完成上級安排的其他事務(wù)性工作。

道路運輸科（交通戰(zhàn)備科）
擬定道路運輸、城市公共交通、出租汽車、網(wǎng)約車管理等有關(guān)政策、制度、技術(shù)標準和規(guī)范并組織實施;按規(guī)定承擔道路運輸業(yè)、城市客運等管理工作;指導道路運輸、城市公共交通和物流運輸以及車輛維修、檢測、駕培等工作，分析道路運輸經(jīng)濟運行情況;指導處理道路運輸糾紛、投訴、信訪等事項;貫徹執(zhí)行國防交通的方針、政策和法律、法規(guī);編制本地區(qū)國防交通網(wǎng)絡(luò)布局，擬定本地區(qū)國防交通保障計劃；指導本地區(qū)國防交通保障隊伍建設(shè)；協(xié)調(diào)州內(nèi)軍事行動和其他緊急任務(wù)的交通保障工作;指導落實本地區(qū)國防交通物資儲備和更新工作;完成上級安排的其他事務(wù)性工作。

海事航務(wù)科
執(zhí)行海事行政、航道、水路運輸、港口、船舶(含漁船)檢驗等相關(guān)法律、法規(guī)、政策、制度；指導海事行政、水路運政、港口和航道行政管理;指導權(quán)限范圍內(nèi)水上交通事故和船舶污染調(diào)查工作;負責落實“河長制”日常事務(wù);指導船舶機、海損事故的調(diào)查取證、檢驗和技術(shù)鑒定及船舶的公正性檢驗;協(xié)調(diào)重點物資、緊急客貨的水路運輸工作，指導水路運輸市場有關(guān)管理工作;完成上級安排的其他事務(wù)性工作。
鐵路民航科
貫徹落實上級關(guān)于鐵路沿線、民航機場屬地安全環(huán)境管理工作有關(guān)要求；擬定鐵路沿線、民航機場屬地安全環(huán)境管理有關(guān)政策和措施并組織實施；協(xié)調(diào)處理鐵路沿線、民航機場屬地安全環(huán)境管理工作；指導全州鐵路沿線、民航機場屬地安全環(huán)境管理等相關(guān)工作。