一、管理模式
兩岸間航運業(yè)務(wù)實行特殊管理，交通運輸部對經(jīng)營兩岸間航運業(yè)務(wù)的航運公司和營運船舶實施行政許可。
二、航運公司
在兩岸注冊的兩岸資本且具有企業(yè)法人資格的航運公司，經(jīng)許可后，方可從事兩岸間海上直接運輸業(yè)務(wù)。
三、營運船舶
從事兩岸間海上直接運輸業(yè)務(wù)，須使用兩岸資本并在兩岸登記的船舶。直航船舶在進出直航港口期間，應(yīng)符合《海峽兩岸海運協(xié)議》關(guān)于船舶識別的約定。
四、申請程序
在大陸注冊的航運公司申請經(jīng)營兩岸間航運業(yè)務(wù)，應(yīng)當向交通運輸部報送申請文件，同時將申請文件抄報公司所在地的省、自治區(qū)、直轄市交通運輸主管部門。
其他航運公司應(yīng)當委托其在大陸的船舶代理人，向交通運輸部報送申請文件。
五、申請文件
申請經(jīng)營兩岸間航運業(yè)務(wù)的航運公司，應(yīng)當提交下列文件：
（一） 申請書（須經(jīng)公司法定代表人簽署）；
（二）營業(yè)執(zhí)照復(fù)印件和公司旗標識彩色圖案；
（三）公司安全管理符合證明（DOC證書）復(fù)印件；
（四） 船舶資料（包括：船舶登記證書、檢驗證書、安全管理證書等復(fù)印件；使用期租或光租船舶的，應(yīng)提交船舶租賃合同復(fù)印件；必要時，需提供兩岸資本證明材料）；
（五） 提單樣本；從事集裝箱班輪運輸?shù)?，?yīng)提交航線掛港、班期和運價本；從事旅客運輸（含郵輪運輸）的，還應(yīng)提交客票樣本。
七、審核時限
交通運輸部自收到齊全、有效的申請文件之日起20日內(nèi)，決定許可或者不許可，并書面通知申請人。
省、自治區(qū)、直轄市交通運輸主管部門應(yīng)在收到抄報的申請文件后10日內(nèi)提出意見報送交通運輸部。