根據《上海市機構改革方案》，將原上海市食品藥品監(jiān)督管理局的藥品、化妝品、醫(yī)療器械的注冊和監(jiān)督管理職責等整合，組建上海市藥品監(jiān)督管理局，作為上海市市場監(jiān)督管理局的部門管理機構。

（一）負責藥品（含中藥、民族藥，下同）、醫(yī)療器械和化妝品安全監(jiān)督管理。貫徹執(zhí)行有關藥品、醫(yī)療器械和化妝品安全監(jiān)督管理的法律、法規(guī)、規(guī)章和方針、政策。研究起草有關地方性法規(guī)、規(guī)章草案和政策規(guī)劃并組織實施。貫徹執(zhí)行鼓勵藥品、醫(yī)療器械和化妝品新技術新產品的相關政策并做好服務工作。

（二）監(jiān)督實施藥品、醫(yī)療器械和化妝品國家標準。制定、修訂和發(fā)布地方性藥品質量標準。參與制定上海市基本藥物目錄，配合有關部門實施國家基本藥物制度。

（三）依法開展藥品、醫(yī)療器械和化妝品注冊管理。貫徹執(zhí)行注冊管理制度，嚴格上市審評審批，完善審評審批制度和服務便利化措施，并組織實施。

（四）負責藥品和醫(yī)療器械生產、醫(yī)療機構制劑配制、化妝品生產的行政許可和監(jiān)督管理。負責職責范圍內的藥品經營企業(yè)的行政許可和監(jiān)督管理。

（五）依法組織實施藥品、醫(yī)療器械和化妝品質量管理規(guī)范，監(jiān)督實施生產質量管理規(guī)范，監(jiān)督和指導實施經營、使用質量管理規(guī)范。

（六）負責藥品、醫(yī)療器械和化妝品上市后風險管理。制定實施藥品、醫(yī)療器械和化妝品質量抽驗計劃。組織開展藥品不良反應、醫(yī)療器械不良事件和化妝品不良反應的監(jiān)測、評價和處置工作。依法承擔藥品、醫(yī)療器械和化妝品安全應急管理工作。

（七）負責貫徹執(zhí)行執(zhí)業(yè)藥師資格準入制度。負責執(zhí)業(yè)藥師注冊工作。監(jiān)督實施執(zhí)業(yè)藥師資格準入制度。

（八）組織指導藥品、醫(yī)療器械和化妝品監(jiān)督檢查，制定相關檢查制度，依法組織查處生產環(huán)節(jié)的違法行為。按照職責分工，組織指導查處經營、使用環(huán)節(jié)的違法行為。

（九）組織開展藥品、醫(yī)療器械和化妝品領域安全宣傳、培訓教育、國際交流與合作。

（十）指導區(qū)市場監(jiān)督管理部門藥品、醫(yī)療器械和化妝品安全監(jiān)督管理工作。

（十一）完成市委、市政府交辦的其他任務。