承擔廈門高崎國際機場各類海關管理工作

下設機構：辦公室（黨委辦公室）、人事政工科（黨委組織宣傳部）、綜合保障科、運行監(jiān)控科、法律事務科、口岸監(jiān)督科、統(tǒng)計科、綜合業(yè)務科、查驗一科、查驗二科、物流監(jiān)管科、值機監(jiān)控科、旅檢一科、旅檢二科、旅檢三科、網格運行管理科、航維保稅科、跨境電商監(jiān)管科。