承擔廈門國際郵輪港、五通碼頭、五緣灣游艇港各類海關管理工作。

下設機構：辦公室（黨委辦公室）、人事政工科（黨委組織宣傳部）、法律事務科、綜合業(yè)務科、口岸監(jiān)督科、運行監(jiān)控科、郵輪旅檢科、查驗科。

派駐機構：駐五通辦事處（副處級）。內設機構：綜合保障科、綜合業(yè)務科、口岸監(jiān)督科、旅檢科。