中華人民共和國駐馬店海關(guān)，機(jī)構(gòu)規(guī)格正處級，2018年按照中央關(guān)于黨和國家機(jī)構(gòu)改革的決策部署，原出入境檢驗(yàn)檢疫管理職責(zé)和隊(duì)伍劃入海關(guān)。經(jīng)中央編辦、海關(guān)總署批準(zhǔn)，設(shè)立駐馬店海關(guān)，2020年12月10日正式開關(guān)運(yùn)行，對外辦理海關(guān)業(yè)務(wù)。下設(shè)科級機(jī)構(gòu)3個，分別為：辦公室（黨委組織宣傳部）、綜合業(yè)務(wù)科、查檢科。

駐馬店海關(guān)受鄭州海關(guān)直接領(lǐng)導(dǎo)，按授權(quán)負(fù)責(zé)駐馬店市所轄縣（市）范圍內(nèi)海關(guān)各類管理工作的執(zhí)行。主要負(fù)責(zé)黨的基層組織建設(shè)和干部隊(duì)伍建設(shè)；辦理具體海關(guān)業(yè)務(wù)，反饋執(zhí)法作業(yè)結(jié)果；完成鄭州海關(guān)交辦的其他工作。