莆田海關(guān)是受福州海關(guān)直接領(lǐng)導，按授權(quán)負責莆田市行政轄區(qū)海關(guān)各類管理工作的執(zhí)行機構(gòu)。負責黨的基層組織建設(shè)和干部隊伍建設(shè)；辦理具體海關(guān)業(yè)務(wù)，反饋執(zhí)法作業(yè)結(jié)果；承辦上級交辦的其他工作事項。

機構(gòu)設(shè)置：

　　 （一）內(nèi)設(shè)機構(gòu)：辦公室（黨委辦公室）、人事政工科（黨委組織宣傳部）、行財科、綜合業(yè)務(wù)科、企業(yè)管理科、查檢科、稽查科、保稅業(yè)務(wù)科、運輸工具監(jiān)管科、查驗科、仙游監(jiān)管科。

　　 （二）派駐機構(gòu)：駐秀嶼辦事處（副處級）。