根據(jù)您描述的情形，結(jié)合既有規(guī)范及實務(wù)處理原則，現(xiàn)綜合分析如下：

一、違法建筑作為經(jīng)營場所的法律限制

合法性要件不符?
根據(jù)行政管理規(guī)范，企業(yè)注冊登記的經(jīng)營場所需具備合法產(chǎn)權(quán)證明或使用權(quán)證明。規(guī)劃部門已認定該建筑存在超建2600平方米的違法情形，屬于無法采取改正措施消除影響的違法行為，建筑物整體或違法部分無法取得合法產(chǎn)權(quán)證明。

工商登記審查受阻?
市場監(jiān)管部門在辦理企業(yè)注冊登記時，需核驗經(jīng)營場所的合法證明材料（如不動產(chǎn)證、租賃備案證明等）。未完成規(guī)劃驗收或存在違法建設(shè)的房產(chǎn)，將無法通過現(xiàn)場核查并完成登記備案。

二、已注冊企業(yè)的整改路徑

若該公司已以該違法建筑作為注冊地和經(jīng)營地，需立即采取以下措施：

主動變更經(jīng)營場所?

步驟?：向市場監(jiān)管部門提交經(jīng)營場所變更申請，提供新的合法場所證明材料（如租賃合同、產(chǎn)權(quán)證明）。
依據(jù)?：違反《公司登記管理條例》未及時變更登記的，可能面臨責(zé)令改正、罰款或吊銷營業(yè)執(zhí)照的風(fēng)險。

配合行政機關(guān)執(zhí)行處罰?

拆除義務(wù)?：須依據(jù)行政處罰決定書要求，限期拆除超建部分。逾期未履行將面臨強制拆除或申請法院強制執(zhí)行。
法律后果?：繼續(xù)使用違法建筑從事經(jīng)營活動，可能被認定為“明知違法仍持續(xù)實施”，加重行政處罰力度。

法律風(fēng)險防控建議?

清查歷史檔案?：核查企業(yè)設(shè)立時提交的場所證明是否存在偽造或虛假材料。
協(xié)商救濟途徑?：如對處罰決定有異議，可依法申請行政復(fù)議或提起行政訴訟。
三、關(guān)聯(lián)法律規(guī)范摘要
法律依據(jù) 主要內(nèi)容 適用情形
《城鄉(xiāng)規(guī)劃法》第六十四條 未取得建設(shè)工程規(guī)劃許可證或未按許可內(nèi)容建設(shè)的，責(zé)令停止建設(shè)并限期改正/拆除 超建部分屬于無法改正情形
《公司登記管理條例》第六十九條 提交虛假材料取得登記，可處5萬-50萬元罰款，情節(jié)嚴重的撤銷登記或吊銷營業(yè)執(zhí)照 違法場所登記可能構(gòu)成提交虛假證明

綜上，該違法建筑不具備合法經(jīng)營場所資質(zhì)，已注冊企業(yè)需立即整改以避免法律追責(zé)。建議同步咨詢行政主管部門和律師，制定合規(guī)整改方案。