濟寧海關是受青島海關直接領導，按授權負責指定口岸和區(qū)域范圍內海關各類管理工作的執(zhí)行機構。主要負責黨的基層組織建設和干部隊伍建設；辦理具體海關業(yè)務，反饋執(zhí)法作業(yè)結果；完成青島海關交辦的其他工作。

概況：濟寧海關于1994年3月30日正式開關，管轄范圍為濟寧市的各項海關管理工作，現有關員80余人。

2007年被評為省級文明單位，先后獲評全國打擊虛開騙稅違法犯罪工作成績突出集體、“省級青年文明號”、山東口岸第七次共建精神文明先進單位，山東省法制宣傳教育示范基地，連續(xù)多年榮獲“支持濟寧發(fā)展突出貢獻獎”稱號。2019年被青島海關評為“優(yōu)秀集體”，“讓天使聽到愛”志愿服務項目榮獲山東省學雷鋒志愿服務“四個100”最佳志愿服務項目、省直機關最美志愿服務項目。

內設機構：辦公室（黨委辦公室）、人事政工科（黨委組織宣傳部）、綜合業(yè)務科、法制科、業(yè)務運行監(jiān)控科、企業(yè)管理科、保稅監(jiān)管科、查檢一科、查檢二科、查檢三科、稽查科

下轄機構：駐曲阜辦事處（副處級）

事業(yè)單位：綜合技術服務中心。