機構職能：番禺海關是受廣州海關直接領導，按授權負責廣州市番禺區(qū)范圍內海關各類管理工作的正處級隸屬海關，主要負責黨的基層建設和干部隊伍建設；辦理具體海關業(yè)務，反饋執(zhí)法作業(yè)結果；完成廣州海關交辦的其他工作。

機構設置：辦公室（黨委辦公室）、人事政工科（黨委組織宣傳部）、財務裝備科、技術運維保障科、分析預警科、綜合業(yè)務科、稽查科、政務服務科、查檢科、衛(wèi)生檢疫科、沙灣監(jiān)管科、珠寶園監(jiān)管科、蓮花港監(jiān)管科、蓮花港跨境電商監(jiān)管科、蓮花港旅檢科。