甘南藏族自治州審計局是州政府組成部門，為正處級。中共甘南州委審計委員會辦公室設在州審計局，接受州委審計委員會的直接領導，承擔州委審計委員會具體工作。設立州委審計委員會辦公室秘書科，負責州委審計委員會及辦公室日常事務。

一、主要職能

(一)負責對國家財政收支和法律法規(guī)規(guī)定屬于審計監(jiān)督范圍的財政收支的真實、合法和效益進行審計監(jiān)督，維護國家財政經濟秩序，提高財政資金使用效益，促進廉政建設，保障國民經濟和社會健康發(fā)展；對審計、專項審計調查和核查社會審計機構相關審計報告的結果承擔責任，并負有督促被審計單位整改的責任。

(二)擬訂全州有關審計法規(guī)、規(guī)章草案，制定全州審計工作指南、制度并監(jiān)督執(zhí)行；制定并組織實施全州審計工作發(fā)展規(guī)劃和專業(yè)領域審計工作規(guī)劃，制定并組織實施年度審計計劃;參與擬訂全州財政經濟及其相關的法規(guī)、規(guī)章草案;對直接審計、調查和核查的事項依法進行審計評價，做出審計決定或提出審計建議。

(三)向州政府提出年度州級預算執(zhí)行和其他財政收支情況的審計結果報告；受州政府委托向州人大常委會提出州級預算執(zhí)行和其他財政收支情況的審計工作報告、審計發(fā)現(xiàn)問題的糾正和處理結果報告;向州政府報告對其他事項的審計調查情況及結果，依法向社會公布審計結果;向州政府有關部門和縣、市級人民政府通報審計情況和審計結果。

(四)直接審計下列事項，出具審計報告，在法定職權范圍內做出審計決定或向有關主管機關提出處理處罰的建議:

1.州級預算執(zhí)行情況和其他財政收支，州直各部門(含直屬單位)預算的執(zhí)行情況和決算以及其他財政收支。

2.縣市人民政府預算的執(zhí)行情況和決算以及其他財政收支。

3.使用州級財政資金的事業(yè)單位和社會團體的財務收支。

4.國家重點建設項目的預算執(zhí)行情況和決算。

5.州屬國有企業(yè)和國有資本占控股或主導地位的企業(yè)及地方金融機構的資產、負債和損益以及國有資本經營預算。

6.州直部門管理和其他單位受州政府及其部門委托管理的社會保障基金、社會捐贈資金、農業(yè)資金、資源環(huán)保資金及其他有關基金、資金的財務收支。

7.國際組織和外國政府援助、貸款項目的財務收支。

8. 法律、行政法規(guī)規(guī)定應由審計機關審計的其他事項。

(五)組織實施對國家財經法律、法規(guī)、規(guī)章、政策和宏觀調控措施執(zhí)行情況、財政預算管理或國有資產管理使用等與國家財政收支有關的特定事項進行專項審計調查。

(六)依法檢查審計決定執(zhí)行情況，督促糾正和處理審計發(fā)現(xiàn)的問題，依法辦理被審計單位對審計決定提請行政復議、行政訴訟或州政府裁決中的有關事項。協(xié)助配合有關部門查處相關重大案件。

(七)指導和監(jiān)督內部審計工作，核查社會審計機構對依法屬于審計監(jiān)督對象的單位出具的相關審計報告。

(八)依法領導和監(jiān)督縣市審計機關的業(yè)務，組織縣市審計機關實施特定項目的專項審計或審計調查，糾正或責成糾正縣市審計機關違反國家規(guī)定做出的審計決定。按照干部管理權限協(xié)管縣市審計機關負責人。

(九)指導和推廣信息技術在審計領域的應用，根據審計廳的要求參與組織建設國家審計信息系統(tǒng)。

(十)承辦州委、州政府和省審計廳交辦的其他事項。

二、內設機構

州委審計委員會辦公室秘書科、辦公室、法規(guī)審理和核查監(jiān)督科、重大政策執(zhí)行和財政金融審計科、農業(yè)農村審計科、固定資產投資審計科、社會保障審計科、自然資源和生態(tài)環(huán)境審計科、國有資產和電子數(shù)據審計科。